В своем первоначальном виде институт представлял собой «Московское научно-исследовательское и проектное отделение по экономике энергетики» (МОЭК), образованное в 1973 году в составе одного из крупных комплексных институтов Минэнерго СССР – НИИиПИ «Энергосетьпроект» . На МОЭК были возложены функции головного подразделения в системе Минэнерго СССР по разработке проблем экономики энергетики. Он осуществлял координацию научно-исследовательской и проектной деятельности всех подведомственных Минэнерго СССР институтов, а также других организаций по этой тематике. В истории электроэнергетики это было первой попыткой создания специализированного экономического центра.
В 1976 г. МОЭК был выделен из состава Энергосетьпроекта в самостоятельную организацию. На его базе была создана центральная нормативно-технологическая и оперативно-производственная организация – «Центр по нормированию и экономическим методам управления в энергетическом и строительном производстве» (ЦНИЭК) с выполнением головной роли в разработке проблем экономики и управления в энергетике.
В 1979 г. ЦНИЭК вошел в состав ПО «Союзтехэнерго» в качестве производственной единицы по нормированию и экономическим методам управления в электроэнергетике. На её основе в 1989 году приказом Минэнерго СССР был создан Научно-исследовательский институт экономики энергетики (НИИЭЭ) .
НИИЭЭ являлся одним из ведущих исследовательских центров в области экономики, финансов, организации управления и экономического нормотворчества в электроэнергетике РФ. Его «продукт» - методические и нормативные разработки, экономические проекты и обоснования, аналитические материалы, ценовые прогнозы и т.п.
С начала 90-х годов НИИЭЭ осуществил ряд успешных проектов, выполнил комплекс методических разработок (в том числе в области основ ценообразования, оптового рынка электроэнергии и т.д.), подготовил проекты нормативно-правовых документов. Это обеспечило ему признание со стороны профильных Комитетов Государственной Думы, Федеральной службы по тарифам, руководства ОАО РАО «ЕЭС России», других заказчиков и партнеров, пользовавшихся услугами института.
По приказу ОАО РАО «ЕЭС России» в Институте был создан Аналитический центр по прогнозированию и предупреждению кризисных ситуаций в электроэнергетическом комплексе России (АЦПП), основной задачей которого являлась разработка методов оценки рисков возникновения системных кризисов, вызванных политическими, экономическими и природными факторами.
В 2002 году организован филиал Института в г. Ростов-на-Дону с целью решения задач функционирования электроэнергетического комплекса в Южном регионе России, экономики, топливоснабжения электростанций региона, разрешения проблем энергоснабжения регионов Северного Кавказа, сложностей теплоснабжения и др.
Таким образом, при относительно молодом возрасте ОАО «НИИЦ МРСК» имеет в своем активе долголетние традиции .
В настоящее время тематическая направленность ОАО "НИИЦ МРСК" определяется тенденциями развития электроэнергетики России и стратегическими приоритетами ОАО «Холдинг МРСК».
Основные стратегические цели ОАО "НИИЦ МРСК":
1. Обеспечение прибыльности и инвестиционной привлекательности Общества за счет создания и использования научного, конструкторского и проектного заделов, рыночной мобильности и диверсификации бизнеса.
2. Рост капитализации Общества за счет развития собственных компетенций, синергии системного использования корпоративных научных активов и потенциала российских и зарубежных партнеров.
3. Формирование и обеспечение функционирования системы управления инновациями в ОАО «Холдинг МРСК» и его ДЗО.
4. Реализация Программы инновационного развития ОАО «Холдинг МРСК».
