В настоящее время в составе университета имеются 6 факультетов, 58 кафедр, 56 научных лабораторий, 4 научно-исследовательских института, 10 научно-исследовательских, научно-методических и научно-практических центров. Клинические базы кафедр располагаются в клиниках университета, а также в 43 крупных больницах и поликлиниках. Среди 1019 преподавателей и научных сотрудников 133 профессора, 174 доктора наук, 554 кандидата наук, 12 действительных членов и членов-корреспондентов РАМН, 12 заслуженных деятелей науки, 46 членов зарубежных академий и научных обществ. В настоящее время в университете работают академики РАМН профессора: Н.А. Яицкий, Э.К. Айламазян, Ю.Д. Игнатов, А.А. Скоромец, Б.И. Ткаченко, Ф.Г. Углов; член-корреспонденты РАМН профессора: К.Н. Корнилов, Л.В. Поташов, Н.В. Путов, Г.Б. Федосеев, И.С. Фрейдлин. Традиции научных школ связаны с именами академиков В.М. Бехтерева, А.В. Вальдмана, Г.Ф. Ланга, Ю.Ю. Джанелидзе, А.А. Заварзина, П.С. Купалова, П.А. Куприянова, М.В. Черноруцкого, М.Д. Тушинского, В.А. Алмазова и других. Исследования ведутся по 12 основным научным направлениям для решения насущных проблем здравоохранения и медицинской науки, с использованием современных медицинских технологий. Кафедры и вычислительный центр интегрированы в сеть Интернет.
